ساختمان مسجد کاشان مبتنی بر نظام زمین و آب تشریفات مشهد صورت گرفته و مثال ویژه ای از مساجد تاریخی میباشد که فضای ذیل گنبدخانه با وجود وزن زیاد آن خالی میباشد و مسیر عبور آب ورودی به محله بوده؛ آبی رنگ که در مسجد وارد پخش اب گردیده و نیاز بخشهای متعدد محله را تأمین می نموده است.
نکته حائض اهمیت دیگر، تکامل هیبت مسجد جامع کاشان براساس تکامل طرح مساجد تاریخی میباشد به گونه ای که بنای اول آن بصورت یک شبستان ایجادشده، به واسطه توسعه محله، به به عبارتی صورت پیشرفته، مناره تحت عنوان علامت مسجد و نمادی برای محله به آن افزوده گردیده، با ساخت گنبدخانه وارد مرحله جدیدی گردیده و در غایت به یک دو ایوانه با ۳ شبستان تبدیل گردیده‌است.
تمامی این تغییرات، در کنار تغییرات بافت تاریخی و توسعه و گسترش شهر به سوی شرق رخداد و منجر شد مسجد جامع نخستین، به‌تدریج رونق خویش را از دست بدهد و تبدیل به مسجدی محله ای خواهد شد.
مسجد کاشان در زمان ادوار متعدد، بارها رو به افول و ویرانی گذارده و بر تاثیر بی توجهی، حال و روز نابسامانی را از رمز گذرانده میباشد. از سویی، منابع از زمین‌لرزه های زیادی نیز در کاشان خبر می‌دهند که اگرچه از شدت و بزرگی آن ها خبری در مشت وجود ندارد، هرمورد سبب به خرابیهای بخش اعظمی در کاشان گردیده اند.
گزارشی مختصر از بازسازی مسجد جامع کاشان بعداز این زلزله ها را در محراب گنبدخانه می اقتدار روءیت کرد. بدین ترتیب کالبد مسجد بعد از این زلزله و در جریان مرمتهای آینده، مبتلا تغییرات بسیار شد‌ه‌است.
شبستان چیست؟